En el año 1571, el Cabildo de Santiago hizo donación a Don Pedro de Miranda de algunos terrenos baldíos, tierras de secano, que se encontraban ubicadas en el sector norte del río Maipo.
Dos siglos después, en el año 1708, los jesuitas, que a la sazón eran los propietarios de la Estación Chequén, construyendo algunos canales de regadíos, convirtiendo estas tierras en las más fértiles de la Región.
Por la ley N° 4.376, de fecha 18 de noviembre de 1892, publicada en el Diario Oficial, se creó la Comuna de La Granja del Departamento La Victoria, durante la presidencia del Trienio formado por Don Jorge Montt, Don Ramón Barros Luco, y Don Waldo Silva.
Su territorio era de 4.756 Has, de propiedad del Director Supremo Don Bernardo O’Higgins, que fueron después donadas por éste a sus colaboradores en méritos de sus servicios, conformando una hermosa zona agrícola. Junto a esto, en el año 1821 cedió a los Padres Franciscanos del convento máximo de Santiago unas cuantas cuadras de terreno en la comuna, a cambio de otras cuadras que la Congregación poseía en lo que es ahora la Avenida Matta, de Santiago.
El nombre de La Granja, deriva de un antiguo dueño de los terrenos, de nacionalidad española, oriundo de una ciudad de España con el mismo nombre.
La primera concentración de Población y Servicios Municipales se centró entre los paraderos 25 y 27 de Sta. Rosa. Su primer Alcalde fue Don Roberto Vial.
La Congregación Franciscana tuvo gran importancia en la historia de la Comuna, creando la primera Capilla alrededor de los años 1824-1825, donde celebraban misa domingos y festivos y daban una Misión cada año en los tiempos de Cuaresma. Existió hasta el año 1901, y el 18 de septiembre de ese año, después de la santa misa, fue demolida. Al año siguiente se colocó la primera piedra del actual templo, y su construcción finalizó el año 1908. (Actualmente esta iglesia, situada en Sta. Rosa con Américo Vespucio, está inserta en la comuna de San Ramón, y fue declarada Monumento Nacional.)
Esta gran iniciativa la tuvo el Padre Juan Bautista Díaz, quien además creó el noviciado de La Granja y la Escuela Mixta el año 1895, a la que en 1897 asistían 42 niñas en la jornada de la mañana, 57 niños en la tarde, y 43 obreros en jornada nocturna. Este sacerdote, además, gozaba del cariño y respeto de personas acomodadas que le brindaban su apoyo para realizar estas obras.
Destacan, además, la acción realizada por el Cura Párroco Monseñor Bernardino Berríos Gainza, quien además de su misión construyó el teatro del convento, como medio para atraer a la juventud, comprando una máquina de cine con sus propios recursos.
El 30 de mayo de 1925 nace la Comuna de La Cisterna, absorbiendo en sus límites gran parte del territorio de La Granja. Ajena a todo progreso durante 14 años, surge entre algunos vecinos, inspirados por Monseñor Bernardino Berrio y ayudado por don Santo Durán, don Alberto Reyes, don Custodio Barrera y don José Ghiardo, el deseo de tener otra vez vida propia. Tal es así que el día 13 de julio de 1939 se logra, tras grandes esfuerzos, volver a ser comuna de La Granja.
Alrededor de los años 1929 se habían creado cooperativas agrícolas para el mejor desempeño de la actividad agropecuaria.
El crecimiento poblacional empieza a intensificarse desde los años 1940: 112 habitantes por KM2.
La comuna estuvo en sus inicios dividida en tres distritos y posteriormente en cinco: San Ramón, Malaquías Concha, La Granja, La Bandera y San Antonio. Posteriormente de La Granja nacieron las comunas de San Ramón y La Pintana, por el D.F.L. N° 1-33-260, del 17 de marzo de 1984.
